تتنفس السلاحف باستخدام رئتيها ، تمامًا مثل معظم الزواحف والثدييات والطيور الأخرى. عندما تحتاج السلحفاة إلى التنفس ، ستظهر على السطح وتمدد رأسها خارج الماء أو تخرج أنفها من قوقعتها إذا كانت على الأرض. ثم تفتح السلحفاة فمها وفتحات أنفها لتستوعب الهواء الذي يسحب إلى رئتيها عن طريق توسيع تجويف الصدر.
على عكس الثدييات ، لا تمتلك السلاحف حاجزًا لمساعدتها على التنفس. بدلاً من ذلك ، يعتمدون على حركة أطرافهم وفتح وإغلاق فمهم والمذرق (فتحة تستخدم للإفراز والتكاثر) لضخ الهواء داخل وخارج رئتيهم.
بعض أنواع السلاحف قادرة على امتصاص الأكسجين من خلال جلدها أو من خلال الهياكل المتخصصة في أفواهها ، مما يسمح لها بالبقاء تحت الماء لفترات طويلة من الزمن. يُعرف هذا باسم "التنفس الشدقي" وهو أكثر شيوعًا في السلاحف المائية مثل المنزلق ذو الأذنين الحمراء.